您询问的“入职新公司三个月后体检不合格有影响吗”，答案是体检不符合公司要求可能会影响您的继续就业。

以下是不同情况的详细解释：
1. 若公司设定的体检标准合理且与您的岗位职责直接相关，而您的体检结果确实不符合该标准，公司可能会以您“无法胜任工作”为由进行处理，例如调岗或解除劳动合同。
2. 若公司没有明确的体检不合格处理流程，或者体检标准模糊不清、与岗位需求无关，那么公司仅因体检不合格就对您做出不利处理则可能缺乏依据。
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针对您“入职新公司三个月后体检不合格有影响吗”这一问题，我们结合相关法律规定来为您分析。
《中华人民共和国劳动法》第二十六条规定：“有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同，但是应当提前三十日以书面形式通知劳动者本人：（一）劳动者患病或者非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的。”
《中华人民共和国劳动合同法》第四十条也有类似规定。在您入职新公司三个月后体检不合格的情况下，如果您的体检不合格情形属于上述法律规定中“不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作”，且公司的体检标准合理并与岗位相关，那么公司依据此条款解除劳动合同是有法律依据的。但如果公司不能证明体检不合格导致您无法胜任工作，或者体检标准不合理，则其解除行为可能违法。
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在“入职新公司三个月后体检不合格”的情况下，以下是一些常见的错误操作行为需要避免：
1. 消极等待不主动沟通：有些员工在得知体检不合格后，不主动与公司沟通，消极等待公司处理，这样可能会错过与公司协商解决问题的最佳时机，导致局面被动。
2. 忽视证据收集：不重视收集体检报告、公司体检标准、岗位职责描述等关键证据，当与公司发生争议时，可能因缺乏证据而无法有效维护自己的权益。
3. 盲目签署文件：在未充分理解文件内容的情况下，盲目签署公司出具的调岗通知、解除劳动合同协议等文件，可能会导致自身合法权益受到损害。

如果您已经出现类似错误操作，或者对公司的处理决定有疑问，建议及时向专业律师咨询，以获取正确的法律指导。
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“入职新公司三个月后体检不合格”的处理可能会受到以下特殊情况或例外情形的影响：
1. 体检标准存在歧视性或不合理要求：如果公司设定的体检标准包含与工作无关的歧视性内容，例如对性别、民族等方面的不合理限制，或者体检项目与岗位职责毫无关联，那么公司以此为由对您进行不利处理则可能构成就业歧视，您有权通过法律途径维护自己的平等就业权。这种情况下，公司的处理行为将因体检标准本身不合法而无效。
2. 公司未提前告知体检要求：若公司在您入职前或入职时未明确告知您该岗位有体检要求以及具体的体检标准，而是在您入职三个月后才突然以体检不合格为由进行处理，那么公司的行为可能因缺乏事先告知而违反诚实信用原则，其处理决定的合法性也会受到质疑。
3. 体检不合格是因工作原因导致的：如果您的体检不合格是由于在新公司工作期间接触有害物质、过度劳累等工作原因造成的，那么可能构成工伤，此时公司不能简单地以体检不合格为由解除劳动合同，而应按照工伤相关规定进行处理。

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